-    MALACHITE     -    Cu2CO3(OH)2

Theoretical atomic positions and lattice parameters at experimental volum from AMCSD 

Crystal Structure 


Because of the translational symmetry all the calculations are performed in the primitive unit cell and not in the conventional unit cell. The following information regarding the structure is given with respect to this primitive unit cell, which sometimes can take an unintuitive shape.

Symmetry (experimental): 

Space group:  14  P2_1/a 
Lattice parameters (Å):  9.5020  11.9740  3.2400 
Angles (°):  90  98.75  90 

Symmetry (theoretical): 

Space group:  14  P2_1/a 
Lattice parameters (Å):  9.5955  12.1985  3.1729 
Angles (°):  90  101.17  90 

Cell contents: 

Number of atoms:  40 
Number of atom types: 
Chemical composition: 

Atomic positions (theoretical):

Cu:  0.4858  0.2888  0.9416 
Cu:  0.2058  0.3913  0.4159 
O:  0.1386  0.1178  0.2364 
O:  0.3113  0.2329  0.5162 
O:  0.3407  0.0549  0.6191 
O:  0.0789  0.3475  0.9076 
O:  0.3566  0.4077  0.8885 
C:  0.2629  0.1346  0.4562 
H:  0.9940  0.3979  0.8225 
H:  0.3846  0.4867  0.8933 
Cu:  0.0142  0.7888  0.0584 
Cu:  0.2942  0.8913  0.5841 
O:  0.3614  0.6178  0.7636 
O:  0.1887  0.7329  0.4838 
O:  0.1593  0.5549  0.3809 
O:  0.4211  0.8475  0.0924 
O:  0.1434  0.9077  0.1115 
C:  0.2371  0.6346  0.5438 
H:  0.5060  0.8979  0.1775 
H:  0.1154  0.9867  0.1067 
Cu:  0.5142  0.7112  0.0584 
Cu:  0.7942  0.6087  0.5841 
O:  0.8614  0.8822  0.7636 
O:  0.6887  0.7671  0.4838 
O:  0.6593  0.9451  0.3809 
O:  0.9211  0.6525  0.0924 
O:  0.6434  0.5923  0.1115 
C:  0.7371  0.8654  0.5438 
H:  0.0060  0.6021  0.1775 
H:  0.6154  0.5133  0.1067 
Cu:  0.9858  0.2112  0.9416 
Cu:  0.7058  0.1087  0.4159 
O:  0.6386  0.3822  0.2364 
O:  0.8113  0.2671  0.5162 
O:  0.8407  0.4451  0.6191 
O:  0.5789  0.1525  0.9076 
O:  0.8566  0.0923  0.8885 
C:  0.7629  0.3654  0.4562 
H:  0.4940  0.1021  0.8225 
H:  0.8846  0.0133  0.8933 
Atom type 

We have listed here the reduced coordinates of all the atoms in the primitive unit cell.
It is enough to know only the position of the atoms from the assymetrical unit cell and then use the symmetry to build the whole crystal structure.

Visualization of the crystal structure: 

Size:

Nx:  Ny:  Nz: 
You can define the size of the supercell to be displayed in the jmol panel as integer translations along the three crys­tallo­gra­phic axis.
Please note that the structure is represented using the pri­mi­tive cell, and not the conventional one.
   

Dielectric Properties 


We define:

  • The Born effective charges, also called dynamical charges, are tensors that correspond to the energy derivative with respect to atomic displacements and electric fields or, equivalently, to the change in atomic force due to an electric field: The sum of the Born effective charges of all nuclei in one cell must vanish, element by element, along each of the three directions of the space.
  • The dielectric tensors are the energy derivative with respect to two electric fields. They also relate the induced polarization to the external electric field.

Born effective charges (Z): 

Cu: 2.6268 -2.6022 4.2769 
-0.3772 2.8807 2.3388 
-4.7307 1.3448 -3.9830 
Eig. Value: 1.4451 4.5285 -4.4491 
Cu: -0.9072 -2.4399 4.1010 
1.4978 2.9328 -0.9319 
4.5458 8.1966 -0.8621 
Eig. Value: -6.1838 5.8127 1.5346 
O: -4.1787 -4.9842 -0.2533 
0.6043 -1.9752 0.3066 
0.0222 8.5156 -3.6662 
Eig. Value: -4.1677 2.1735 -7.8259 
O: -1.8417 4.3613 0.6920 
-0.6528 -1.3615 0.5724 
4.2267 -5.9706 0.2539 
Eig. Value: 0.2228 -5.6953 2.5232 
O: -2.6975 0.2225 -0.8955 
1.2435 -3.7945 0.9764 
-0.8486 3.1036 -1.2257 
Eig. Value: -2.3352 -5.3518 -0.0308 
O: -4.3159 0.9300 -3.2850 
-3.2473 -1.7556 2.4878 
0.8434 -8.6596 0.0535 
Eig. Value: -5.8604 -2.5350 2.3775 
O: 5.4548 0.0613 -6.7912 
1.0907 -1.5067 -2.7180 
-4.1841 1.3652 7.2493 
Eig. Value: 0.7916 -1.5653 11.9711 
C: 1.7073 1.1997 0.6393 
-2.0697 3.0549 -2.3025 
6.4057 -3.8628 5.0302 
Eig. Value: -1.0507 2.1155 8.7276 
H: 3.0309 -2.1748 2.1785 
0.2500 0.1648 -0.1405 
-1.9854 1.9303 -2.8460 
Eig. Value: 3.3289 0.1333 -3.1124 
H: 0.5807 -2.7233 -0.8117 
-0.2273 1.3615 0.5058 
-1.0478 3.9811 0.8881 
Eig. Value: -0.1625 4.2004 -1.2076 
Cu: 2.6281 2.5773 4.2803 
0.3771 2.8803 -2.3388 
-4.7753 -1.2166 -4.0093 
Eig. Value: 1.4387 4.5031 -4.4427 
Cu: -0.8988 2.5380 4.1321 
-1.4980 2.9324 0.9319 
4.4625 -8.7593 -1.0544 
Eig. Value: 5.9549 1.4356 -6.4113 
O: -4.2485 4.8855 -0.2817 
-0.6044 -1.9752 -0.3067 
0.4198 -7.9536 -3.5048 
Eig. Value: -4.0231 1.8940 -7.5995 
O: -1.7803 -4.3077 0.7261 
0.6527 -1.3618 -0.5725 
3.8184 5.6543 0.0388 
Eig. Value: 0.2190 -5.4938 2.1714 
O: -2.7317 -0.3466 -0.9004 
-1.2436 -3.7947 -0.9764 
-0.6693 -2.3503 -1.2018 
Eig. Value: -2.3097 -5.0885 -0.3300 
O: -4.4203 -0.7425 -3.3157 
3.2472 -1.7556 -2.4878 
1.4651 7.5776 0.2394 
Eig. Value: -5.5800 -2.3324 1.9759 
O: 5.6221 0.0061 -6.7457 
-1.0908 -1.5069 2.7180 
-5.2075 -1.7805 6.9694 
Eig. Value: 0.2859 -1.5480 12.3467 
C: 1.6578 -1.2421 0.6194 
2.0696 3.0549 2.3024 
6.6772 4.1156 5.1430 
Eig. Value: -1.2098 2.1121 8.9534 
H: 3.0348 2.2009 2.1810 
-0.2500 0.1648 0.1405 
-1.9998 -2.0756 -2.8588 
Eig. Value: 3.3415 0.1630 -3.1637 
H: 0.5921 2.7160 -0.8089 
0.2273 1.3615 -0.5058 
-1.1183 -3.9401 0.8709 
Eig. Value: -0.1875 4.1952 -1.1832 
Cu: 2.8665 -2.9589 4.3221 
-0.3769 2.8803 2.3389 
-6.1118 3.3954 -4.2436 
Eig. Value: 1.4472 5.3210 -5.2650 
Cu: -0.7223 -2.6650 4.1864 
1.4981 2.9319 -0.9319 
3.4460 9.4941 -1.3558 
Eig. Value: 1.1911 5.9935 -6.3307 
O: -4.1525 -5.0991 -0.2527 
0.6043 -1.9752 0.3066 
-0.1283 9.1701 -3.6685 
Eig. Value: -4.2107 2.5154 -8.1008 
O: -1.5291 4.0549 0.7967 
-0.6525 -1.3623 0.5725 
2.4081 -4.2053 -0.3571 
Eig. Value: -4.5430 0.2191 1.0754 
O: -2.6378 0.1816 -0.8876 
1.2436 -3.7945 0.9764 
-1.1978 3.3216 -1.2728 
Eig. Value: -2.2985 -5.4875 0.0809 
O: -4.5136 0.6146 -3.3698 
-3.2475 -1.7555 2.4877 
1.9853 -6.8309 0.5451 
Eig. Value: -5.4415 -2.1360 1.8535 
O: 5.9169 -0.1045 -6.6474 
1.0911 -1.5076 -2.7179 
-6.8685 2.3311 6.4116 
Eig. Value: -0.5483 -1.5736 12.9428 
C: 1.7759 1.1216 0.6515 
-2.0696 3.0548 -2.3025 
6.0084 -3.4220 4.9605 
Eig. Value: -0.7595 2.1235 8.4272 
H: 3.0035 -2.2025 2.1732 
0.2500 0.1648 -0.1405 
-1.8240 2.0890 -2.8151 
Eig. Value: 3.3094 0.1828 -3.1390 
H: 0.6197 -2.7026 -0.8021 
-0.2273 1.3615 0.5058 
-1.2744 3.8606 0.8321 
Eig. Value: -0.2381 4.1902 -1.1388 
Cu: 2.7883 2.9748 4.3070 
0.3772 2.8807 -2.3388 
-5.6971 -3.5122 -4.1622 
Eig. Value: 1.4622 5.2644 -5.2198 
Cu: -0.7474 2.5488 4.1685 
-1.4979 2.9323 0.9319 
3.5750 -8.8096 -1.2640 
Eig. Value: 1.2836 5.7602 -6.1229 
O: -4.0672 5.1939 -0.2215 
-0.6042 -1.9752 -0.3066 
-0.6383 -9.7405 -3.8573 
Eig. Value: -4.3525 2.8106 -8.3578 
O: -1.6357 -4.1138 0.7487 
0.6528 -1.3616 -0.5724 
2.9830 4.5471 -0.0896 
Eig. Value: -4.8050 0.2169 1.5012 
O: -2.6367 -0.0252 -0.8906 
-1.2435 -3.7943 -0.9764 
-1.2281 -4.2108 -1.2608 
Eig. Value: -2.3578 -5.8020 0.4680 
O: -4.3513 -0.8066 -3.3271 
3.2473 -1.7554 -2.4878 
1.0428 7.9719 0.3007 
Eig. Value: -5.6979 -2.3190 2.2108 
O: 5.6771 0.0280 -6.7285 
-1.0908 -1.5069 2.7179 
-5.5092 -1.9035 6.8760 
Eig. Value: 0.1370 -1.5466 12.4558 
C: 1.8116 -1.0703 0.6672 
2.0697 3.0549 2.3025 
5.7830 3.1260 4.8643 
Eig. Value: -0.6098 2.1308 8.2097 
H: 3.0181 2.1862 2.1754 
-0.2500 0.1648 0.1405 
-1.9043 -1.9882 -2.8264 
Eig. Value: 3.3189 0.1527 -3.1151 
H: 0.6012 2.7086 -0.8067 
0.2273 1.3615 -0.5058 
-1.1696 -3.8997 0.8587 
Eig. Value: -0.2051 4.1870 -1.1605 
Atom type 

Dielectric tensors: 

 
Ɛ411.9518 0.0000 0.0000 
0.0000 40.0752 0.0000 
0.0000 0.0000 992.0050 
Eig. Value: 411.9518 40.0752 992.0050 
Refractive index (N): 20.2966 0.0000 0.0000 
0.0000 6.3305 0.0000 
0.0000 0.0000 31.4961 
Eig. Value: 20.2966 6.3305 31.4961 
Ɛ00.0000 0.0000 0.0000 
0.0000 0.0000 0.0000 
0.0000 0.0000 0.0000 
Eig. Value: 0.0000 0.0000 0.0000