-    MONOHYDROCALCITE     -    CaCO3H2O

Theoretical atomic positions and lattice parameters at experimental volum from AMCSD 

Crystal Structure 


Because of the translational symmetry all the calculations are performed in the primitive unit cell and not in the conventional unit cell. The following information regarding the structure is given with respect to this primitive unit cell, which sometimes can take an unintuitive shape.

Symmetry (experimental): 

Space group:  144  P3_1 
Lattice parameters (Å):  10.5547  10.5547  7.5644 
Angles (°):  90  90  120 

Symmetry (theoretical): 

Space group:  144  P3_1 
Lattice parameters (Å):  10.5389  10.5389  7.5871 
Angles (°):  90  90  120 

Cell contents: 

Number of atoms:  72 
Number of atom types: 
Chemical composition: 

Atomic positions (theoretical):

Ca:  0.1871  0.0951  0.3290 
Ca:  0.8540  0.4275  0.3426 
Ca:  0.5209  0.7527  0.3540 
C:  0.0932  0.1743  0.9618 
C:  0.7416  0.5067  0.0479 
C:  0.4137  0.8403  0.0605 
O:  0.2081  0.2320  0.0604 
O:  0.0541  0.0565  0.8788 
O:  0.0224  0.2436  0.9391 
O:  0.8816  0.5774  0.0722 
O:  0.6644  0.3872  0.1285 
O:  0.6836  0.5643  0.9509 
O:  0.5531  0.9098  0.0838 
O:  0.3346  0.7211  0.1407 
O:  0.3560  0.8993  0.9636 
O:  0.3980  0.1950  0.8421 
O:  0.0648  0.5404  0.8471 
O:  0.7321  0.8674  0.8373 
H:  0.3326  0.2115  0.9233 
H:  0.3297  0.1134  0.7631 
H:  0.0012  0.4615  0.7619 
H:  0.9948  0.5546  0.9221 
H:  0.6631  0.7857  0.7570 
H:  0.6672  0.8856  0.9158 
Ca:  0.9080  0.8129  0.9957 
Ca:  0.5735  0.1460  0.0093 
Ca:  0.2318  0.4791  0.0207 
C:  0.0811  0.9068  0.6284 
C:  0.7650  0.2584  0.7146 
C:  0.4266  0.5863  0.7272 
O:  0.0239  0.7919  0.7271 
O:  0.0024  0.9459  0.5454 
O:  0.2212  0.9776  0.6057 
O:  0.6958  0.1184  0.7389 
O:  0.7228  0.3356  0.7952 
O:  0.8807  0.3164  0.6176 
O:  0.3567  0.4469  0.7505 
O:  0.3865  0.6654  0.8074 
O:  0.5433  0.6440  0.6303 
O:  0.7970  0.6020  0.5088 
O:  0.4756  0.9352  0.5138 
O:  0.1353  0.2679  0.5039 
H:  0.8789  0.6674  0.5899 
H:  0.7837  0.6703  0.4298 
H:  0.4603  0.9988  0.4285 
H:  0.5598  0.0052  0.5888 
H:  0.1226  0.3369  0.4237 
H:  0.2184  0.3328  0.5825 
Ca:  0.9049  0.0920  0.6624 
Ca:  0.5725  0.4265  0.6759 
Ca:  0.2473  0.7682  0.6874 
C:  0.8257  0.9189  0.2951 
C:  0.4933  0.2350  0.3812 
C:  0.1597  0.5734  0.3939 
O:  0.7680  0.9761  0.3937 
O:  0.9435  0.9976  0.2121 
O:  0.7564  0.7788  0.2724 
O:  0.4226  0.3042  0.4056 
O:  0.6128  0.2772  0.4618 
O:  0.4357  0.1193  0.2843 
O:  0.0902  0.6433  0.4171 
O:  0.2789  0.6135  0.4741 
O:  0.1007  0.4567  0.2969 
O:  0.8050  0.2030  0.1755 
O:  0.4596  0.5244  0.1804 
O:  0.1326  0.8647  0.1706 
H:  0.7885  0.1211  0.2566 
H:  0.8866  0.2163  0.0964 
H:  0.5385  0.5397  0.0952 
H:  0.4454  0.4402  0.2555 
H:  0.2143  0.8774  0.0903 
H:  0.1144  0.7816  0.2491 
Atom type 

We have listed here the reduced coordinates of all the atoms in the primitive unit cell.
It is enough to know only the position of the atoms from the assymetrical unit cell and then use the symmetry to build the whole crystal structure.

Visualization of the crystal structure: 

Size:

Nx:  Ny:  Nz: 
You can define the size of the supercell to be displayed in the jmol panel as integer translations along the three crys­tallo­gra­phic axis.
Please note that the structure is represented using the pri­mi­tive cell, and not the conventional one.
   

Dielectric Properties 


We define:

  • The Born effective charges, also called dynamical charges, are tensors that correspond to the energy derivative with respect to atomic displacements and electric fields or, equivalently, to the change in atomic force due to an electric field: The sum of the Born effective charges of all nuclei in one cell must vanish, element by element, along each of the three directions of the space.
  • The dielectric tensors are the energy derivative with respect to two electric fields. They also relate the induced polarization to the external electric field.

Born effective charges (Z): 

Ca: 2.2964 0.1427 0.1410 
0.2607 2.1743 -0.0336 
0.0023 -0.2187 2.2379 
Eig. Value: 2.4480 1.9520 2.3087 
Ca: 2.3584 0.2422 0.0188 
0.1009 2.1096 -0.1011 
0.2661 -0.0520 2.2325 
Eig. Value: 2.4854 1.9543 2.2607 
Ca: 2.3956 0.1787 -0.0741 
0.1132 2.0802 -0.1516 
0.1795 -0.1082 2.2323 
Eig. Value: 2.4528 1.9527 2.3026 
C: 2.5718 -0.3335 0.8220 
-0.3888 2.3790 0.9127 
0.6013 0.8700 1.3423 
Eig. Value: 2.9259 2.8472 0.5199 
C: 2.5610 0.3201 0.8397 
0.3708 2.4249 -0.8852 
0.6203 -0.8698 1.3176 
Eig. Value: 2.9428 2.8449 0.5158 
C: 2.5701 0.3295 0.8152 
0.4237 2.4197 -0.8647 
0.6007 -0.8506 1.2995 
Eig. Value: 2.8893 2.8786 0.5214 
O: -1.8264 -0.2949 -0.5309 
-0.2669 -1.2758 -0.2958 
-0.4312 -0.2267 -1.4369 
Eig. Value: -2.2923 -1.1804 -1.0664 
O: -1.0018 0.2032 0.0017 
0.1749 -2.0191 -0.6069 
-0.0116 -0.5902 -1.2560 
Eig. Value: -1.0534 -2.3670 -0.8565 
O: -2.0307 0.4557 -0.1423 
0.4712 -1.3802 -0.0540 
-0.0447 -0.0774 -0.9802 
Eig. Value: -2.2738 -1.1881 -0.9291 
O: -2.0273 -0.4695 -0.1419 
-0.4706 -1.4167 0.0360 
-0.0345 0.0751 -1.0100 
Eig. Value: -2.2845 -1.2036 -0.9658 
O: -0.9958 -0.1910 -0.0095 
-0.1449 -2.0498 0.5920 
-0.0359 0.5995 -1.2412 
Eig. Value: -1.0560 -2.3792 -0.8516 
O: -1.8242 0.2929 -0.5408 
0.2759 -1.2577 0.2876 
-0.4477 0.2431 -1.3967 
Eig. Value: -2.2916 -1.1588 -1.0282 
O: -1.9796 -0.4753 -0.1685 
-0.4941 -1.3965 0.0435 
-0.0756 0.1061 -0.9572 
Eig. Value: -2.2574 -1.1888 -0.8871 
O: -1.0043 -0.2007 0.0122 
-0.1903 -2.0485 0.5812 
-0.0141 0.5773 -1.2341 
Eig. Value: -1.0513 -2.3713 -0.8642 
O: -1.8829 0.2848 -0.5045 
0.2538 -1.2698 0.2814 
-0.3908 0.2539 -1.4232 
Eig. Value: -2.2907 -1.2256 -1.0596 
O: -1.2839 -0.0637 0.0894 
-0.0012 -1.1462 -0.1755 
0.1018 -0.1083 -1.1885 
Eig. Value: -1.3599 -1.2620 -0.9968 
O: -1.2369 -0.0495 0.0751 
-0.0616 -1.1860 -0.1847 
0.1373 -0.0883 -1.1856 
Eig. Value: -1.3430 -1.2710 -0.9945 
O: -1.1604 -0.0749 0.0413 
-0.1388 -1.2819 -0.1977 
-0.0207 -0.1722 -1.1847 
Eig. Value: -1.0041 -1.4470 -1.1760 
H: 0.9622 -0.1368 -0.4896 
-0.0499 0.3511 0.0100 
-0.3438 0.0369 0.6056 
Eig. Value: 1.2464 0.3684 0.3041 
H: 0.4044 0.2441 0.2381 
0.1221 0.8252 0.4342 
0.0988 0.3408 0.6750 
Eig. Value: 0.3236 1.2204 0.3606 
H: 0.3832 0.2491 0.2410 
0.1583 0.8496 0.4080 
0.1172 0.2685 0.6019 
Eig. Value: 0.2819 1.1776 0.3752 
H: 0.9269 -0.1397 -0.5115 
-0.0245 0.3737 0.0242 
-0.3977 0.0859 0.6783 
Eig. Value: 1.2846 0.3641 0.3302 
H: 0.4216 0.3248 0.2623 
0.2312 0.9717 0.4909 
0.1686 0.3759 0.6401 
Eig. Value: 0.2885 1.3964 0.3484 
H: 0.7849 -0.1420 -0.4218 
-0.0287 0.3868 -0.0058 
-0.2751 0.0690 0.6312 
Eig. Value: 1.0758 0.3948 0.3325 
Ca: 2.0302 -0.1070 -0.0996 
0.0110 2.4405 -0.1053 
-0.1906 0.1073 2.2379 
Eig. Value: 1.9520 2.4480 2.3087 
Ca: 2.0232 0.0926 -0.0970 
-0.0487 2.4448 0.0343 
-0.1781 -0.2045 2.2325 
Eig. Value: 1.9543 2.4854 2.2607 
Ca: 2.0326 0.0964 -0.0943 
0.0309 2.4432 0.1400 
-0.1834 -0.1014 2.2323 
Eig. Value: 1.9527 2.4528 2.3026 
C: 2.7399 0.2917 0.3794 
0.2365 2.2108 -1.1682 
0.4528 -0.9557 1.3423 
Eig. Value: 2.8472 2.9259 0.5199 
C: 2.1598 -0.1391 -1.1865 
-0.0885 2.8262 -0.2846 
-1.0634 -0.1023 1.3176 
Eig. Value: 2.9428 2.8449 0.5158 
C: 2.1311 -0.1702 -1.1564 
-0.0761 2.8587 -0.2736 
-1.0370 -0.0949 1.2995 
Eig. Value: 2.8893 2.8785 0.5214 
O: -1.1702 -0.1120 0.0093 
-0.0840 -1.9321 0.6076 
0.0192 0.4868 -1.4369 
Eig. Value: -1.1804 -2.2923 -1.0664 
O: -1.9285 0.3601 -0.5265 
0.3318 -1.0924 0.3020 
-0.5053 0.3052 -1.2560 
Eig. Value: -2.3670 -1.0534 -0.8565 
O: -1.9442 -0.5211 0.0244 
-0.5057 -1.4667 0.1502 
-0.0447 0.0774 -0.9802 
Eig. Value: -2.2738 -1.1881 -0.9291 
O: -1.1623 -0.0288 0.1021 
-0.0299 -2.2817 0.1049 
0.0823 -0.0077 -1.0100 
Eig. Value: -1.2036 -2.2845 -0.9658 
O: -1.6408 0.5173 0.5174 
0.5634 -1.4047 -0.2877 
0.5371 -0.2687 -1.2412 
Eig. Value: -2.3792 -1.0560 -0.8516 
O: -1.6456 -0.3790 0.5195 
-0.3960 -1.4363 0.3245 
0.4344 0.2661 -1.3967 
Eig. Value: -2.2916 -1.1588 -1.0282 
O: -1.1225 -0.0008 0.1219 
-0.0196 -2.2536 0.1242 
0.1297 0.0124 -0.9572 
Eig. Value: -1.1888 -2.2574 -0.8871 
O: -1.6181 0.5447 0.4973 
0.5551 -1.4346 -0.3011 
0.5070 -0.2764 -1.2341 
Eig. Value: -2.3713 -1.0513 -0.8642 
O: -1.6563 -0.3846 0.4960 
-0.4156 -1.4964 0.2962 
0.4153 0.2115 -1.4232 
Eig. Value: -2.2907 -1.2256 -1.0596 
O: -1.1525 -0.0746 -0.1967 
-0.0121 -1.2776 0.0103 
-0.1447 -0.0340 -1.1885 
Eig. Value: -0.9968 -1.2620 -1.3599 
O: -1.1506 0.0118 -0.1975 
-0.0003 -1.2723 0.0273 
-0.1451 -0.0748 -1.1856 
Eig. Value: -0.9945 -1.2710 -1.3430 
O: -1.1590 0.1380 -0.1918 
0.0741 -1.2833 0.0631 
-0.1387 0.1040 -1.1847 
Eig. Value: -1.0041 -1.4470 -1.1759 
H: 0.5847 0.2678 0.2534 
0.3548 0.7286 0.4190 
0.2039 0.2793 0.6056 
Eig. Value: 0.3684 1.2464 0.3041 
H: 0.5614 -0.2128 0.2570 
-0.3348 0.6682 -0.4232 
0.2457 -0.2560 0.6750 
Eig. Value: 0.3236 1.2204 0.3606 
H: 0.5566 -0.2584 0.2328 
-0.3492 0.6762 -0.4127 
0.1739 -0.2357 0.6019 
Eig. Value: 0.2819 1.1776 0.3752 
H: 0.5831 0.2230 0.2767 
0.3382 0.7175 0.4309 
0.2732 0.3015 0.6783 
Eig. Value: 0.3641 1.2846 0.3302 
H: 0.5934 -0.3304 0.2940 
-0.4240 0.7999 -0.4726 
0.2413 -0.3339 0.6401 
Eig. Value: 0.2885 1.3965 0.3484 
H: 0.5603 0.1584 0.2059 
0.2717 0.6115 0.3682 
0.1973 0.2037 0.6312 
Eig. Value: 0.3948 1.0758 0.3325 
Ca: 2.3795 -0.2127 -0.0414 
-0.0947 2.0912 0.1389 
0.1882 0.1114 2.2379 
Eig. Value: 2.4480 1.9520 2.3087 
Ca: 2.3204 -0.1229 0.0782 
-0.2642 2.1476 0.0668 
-0.0880 0.2564 2.2325 
Eig. Value: 2.4854 1.9543 2.2607 
Ca: 2.2854 -0.1769 0.1684 
-0.2423 2.1904 0.0116 
0.0039 0.2095 2.2323 
Eig. Value: 2.4528 1.9527 2.3026 
C: 2.1144 0.1247 -1.2014 
0.0695 2.8363 0.2555 
-1.0541 0.0857 1.3423 
Eig. Value: 2.9259 2.8473 0.5199 
C: 2.7581 -0.2570 0.3468 
-0.2063 2.2279 1.1698 
0.4431 0.9721 1.3176 
Eig. Value: 2.8449 2.9428 0.5158 
C: 2.7834 -0.3006 0.3412 
-0.2064 2.2063 1.1383 
0.4363 0.9456 1.2995 
Eig. Value: 2.8785 2.8893 0.5214 
O: -1.6568 0.3649 0.5216 
0.3929 -1.4455 -0.3119 
0.4120 -0.2601 -1.4369 
Eig. Value: -2.2923 -1.1804 -1.0664 
O: -1.6010 -0.5209 0.5248 
-0.5492 -1.4199 0.3050 
0.5170 0.2851 -1.2560 
Eig. Value: -2.3670 -1.0534 -0.8565 
O: -1.1415 0.0422 0.1179 
0.0577 -2.2695 -0.0962 
0.0894 0.0000 -0.9802 
Eig. Value: -1.1881 -2.2738 -0.9291 
O: -1.9764 0.5000 0.0398 
0.4988 -1.4675 -0.1409 
-0.0478 -0.0674 -1.0100 
Eig. Value: -2.2845 -1.2036 -0.9658 
O: -1.9317 -0.3954 -0.5079 
-0.3494 -1.1138 -0.3042 
-0.5013 -0.3308 -1.2412 
Eig. Value: -2.3792 -1.0560 -0.8516 
O: -1.1530 0.1116 0.0213 
0.0946 -1.9288 -0.6121 
0.0133 -0.5093 -1.3967 
Eig. Value: -1.1588 -2.2916 -1.0282 
O: -1.9620 0.5043 0.0466 
0.4854 -1.4141 -0.1677 
-0.0541 -0.1185 -0.9572 
Eig. Value: -2.2574 -1.1888 -0.8871 
O: -1.9567 -0.3596 -0.5094 
-0.3492 -1.0960 -0.2801 
-0.4929 -0.3009 -1.2342 
Eig. Value: -2.3713 -1.0513 -0.8642 
O: -1.1899 0.1463 0.0086 
0.1153 -1.9628 -0.5776 
-0.0245 -0.4654 -1.4232 
Eig. Value: -1.2256 -2.2908 -1.0596 
O: -1.2088 0.0446 0.1073 
0.1071 -1.2214 0.1652 
0.0429 0.1423 -1.1885 
Eig. Value: -0.9968 -1.2620 -1.3599 
O: -1.2468 0.0559 0.1224 
0.0438 -1.1761 0.1574 
0.0078 0.1630 -1.1856 
Eig. Value: -1.2710 -1.3430 -0.9945 
O: -1.3441 0.0328 0.1506 
-0.0312 -1.0983 0.1346 
0.1595 0.0681 -1.1847 
Eig. Value: -1.4470 -1.1760 -1.0041 
H: 0.4230 -0.2615 0.2362 
-0.1745 0.8903 -0.4290 
0.1399 -0.3162 0.6056 
Eig. Value: 0.3684 1.2464 0.3041 
H: 0.8786 0.1517 -0.4950 
0.0297 0.3510 -0.0109 
-0.3445 -0.0848 0.6750 
Eig. Value: 1.2204 0.3236 0.3606 
H: 0.9094 0.1455 -0.4739 
0.0548 0.3234 0.0047 
-0.2911 -0.0327 0.6019 
Eig. Value: 1.1776 0.2819 0.3752 
H: 0.4409 -0.2561 0.2348 
-0.1409 0.8597 -0.4551 
0.1245 -0.3873 0.6783 
Eig. Value: 0.3641 1.2846 0.3302 
H: 1.0749 0.1460 -0.5563 
0.0524 0.3183 -0.0183 
-0.4098 -0.0420 0.6401 
Eig. Value: 1.3965 0.2885 0.3484 
H: 0.4125 -0.1863 0.2159 
-0.0731 0.7593 -0.3624 
0.0778 -0.2727 0.6312 
Eig. Value: 0.3325 1.0758 0.3948 
Atom type 

Dielectric tensors: 

 
Ɛ2.5817 0.0000 0.0000 
0.0000 2.5818 0.0000 
0.0000 0.0000 2.3999 
Eig. Value: 2.5817 2.5818 2.3999 
Refractive index (N): 1.6068 0.0000 0.0000 
0.0000 1.6068 0.0000 
0.0000 0.0000 1.5492 
Eig. Value: 1.6068 1.6068 1.5492 
Ɛ00.0000 0.0000 0.0000 
0.0000 0.0000 0.0000 
0.0000 0.0000 0.0000 
Eig. Value: 0.0000 0.0000 0.0000