-    TRABZONITE     -    Ca4[Si3O9(OH)]OH

Theoretical atomic positions. Lattice parameters fixed as in AMCSD 

Crystal Structure 


Because of the translational symmetry all the calculations are performed in the primitive unit cell and not in the conventional unit cell. The following information regarding the structure is given with respect to this primitive unit cell, which sometimes can take an unintuitive shape.

Symmetry (experimental): 

Space group:  40  Ama2 
Lattice parameters (Å):  20.5805  10.3240  9.1053 
Angles (°):  90  90  90 

Symmetry (theoretical): 

Space group:  40  Ama2 
Lattice parameters (Å):  20.5460  6.8906  6.8906 
Angles (°):  97.43  90  90 

Cell contents: 

Number of atoms:  80 
Number of atom types: 
Chemical composition: 

Atomic positions (theoretical):

Ca:  0.3538  0.1606  0.9608 
Ca:  0.3627  0.5341  0.3455 
Ca:  0.2500  0.8607  0.6199 
Ca:  0.5000  0.6233  0.6233 
Ca:  0.2500  0.7819  0.1150 
Ca:  0.5000  0.2159  0.2159 
Si:  0.3730  0.6402  0.8759 
Si:  0.4964  0.1172  0.6885 
Si:  0.3740  0.0521  0.4472 
O:  0.4748  0.5684  0.2832 
O:  0.4642  0.1877  0.8937 
O:  0.4418  0.9863  0.5475 
O:  0.4471  0.7103  0.9501 
O:  0.3896  0.1927  0.2861 
O:  0.3372  0.5116  0.0217 
O:  0.3305  0.8647  0.3756 
O:  0.3279  0.8290  0.8616 
O:  0.3876  0.5167  0.6652 
O:  0.3324  0.1852  0.6236 
O:  0.2500  0.1225  0.0891 
O:  0.2500  0.5352  0.4341 
H:  0.3530  0.3280  0.6457 
H:  0.2500  0.2267  0.1988 
H:  0.2500  0.4268  0.5122 
Ca:  0.6462  0.9608  0.1606 
Ca:  0.6373  0.3455  0.5341 
Ca:  0.7500  0.6199  0.8607 
Ca:  0.7500  0.1150  0.7819 
Si:  0.6270  0.8759  0.6402 
Si:  0.5036  0.6885  0.1172 
Si:  0.6260  0.4472  0.0521 
O:  0.5252  0.2832  0.5684 
O:  0.5358  0.8937  0.1877 
O:  0.5582  0.5475  0.9863 
O:  0.5529  0.9501  0.7103 
O:  0.6104  0.2861  0.1927 
O:  0.6628  0.0217  0.5116 
O:  0.6695  0.3756  0.8647 
O:  0.6721  0.8616  0.8290 
O:  0.6124  0.6652  0.5167 
O:  0.6676  0.6236  0.1852 
O:  0.7500  0.0891  0.1225 
O:  0.7500  0.4341  0.5352 
H:  0.6470  0.6457  0.3280 
H:  0.7500  0.1988  0.2267 
H:  0.7500  0.5122  0.4268 
Ca:  0.8538  0.9608  0.1606 
Ca:  0.8627  0.3455  0.5341 
Ca:  0.0000  0.6233  0.6233 
Ca:  0.0000  0.2159  0.2159 
Si:  0.8730  0.8759  0.6402 
Si:  0.9964  0.6885  0.1172 
Si:  0.8740  0.4472  0.0521 
O:  0.9748  0.2832  0.5684 
O:  0.9642  0.8937  0.1877 
O:  0.9418  0.5475  0.9863 
O:  0.9471  0.9501  0.7103 
O:  0.8896  0.2861  0.1927 
O:  0.8372  0.0217  0.5116 
O:  0.8305  0.3756  0.8647 
O:  0.8279  0.8616  0.8290 
O:  0.8876  0.6652  0.5167 
O:  0.8324  0.6236  0.1852 
H:  0.8530  0.6457  0.3280 
Ca:  0.1462  0.1606  0.9608 
Ca:  0.1373  0.5341  0.3455 
Si:  0.1270  0.6402  0.8759 
Si:  0.0036  0.1172  0.6885 
Si:  0.1260  0.0521  0.4472 
O:  0.0252  0.5684  0.2832 
O:  0.0358  0.1877  0.8937 
O:  0.0582  0.9863  0.5475 
O:  0.0529  0.7103  0.9501 
O:  0.1104  0.1927  0.2861 
O:  0.1628  0.5116  0.0217 
O:  0.1695  0.8647  0.3756 
O:  0.1721  0.8290  0.8616 
O:  0.1124  0.5167  0.6652 
O:  0.1676  0.1852  0.6236 
H:  0.1470  0.3280  0.6457 
Atom type 

We have listed here the reduced coordinates of all the atoms in the primitive unit cell.
It is enough to know only the position of the atoms from the assymetrical unit cell and then use the symmetry to build the whole crystal structure.

Visualization of the crystal structure: 

Size:

Nx:  Ny:  Nz: 
You can define the size of the supercell to be displayed in the jmol panel as integer translations along the three crys­tallo­gra­phic axis.
Please note that the structure is represented using the pri­mi­tive cell, and not the conventional one.
   

Dielectric Properties 


We define:

  • The Born effective charges, also called dynamical charges, are tensors that correspond to the energy derivative with respect to atomic displacements and electric fields or, equivalently, to the change in atomic force due to an electric field: The sum of the Born effective charges of all nuclei in one cell must vanish, element by element, along each of the three directions of the space.
  • The dielectric tensors are the energy derivative with respect to two electric fields. They also relate the induced polarization to the external electric field.

Born effective charges (Z): 

Ca: 2.1757 0.2186 -0.0374 
0.1539 2.3780 0.0282 
-0.0352 -0.0371 2.3341 
Eig. Value: 2.0618 2.4920 2.3340 
Ca: 2.1437 0.0501 -0.0972 
-0.0707 2.4519 -0.0627 
-0.0835 -0.0784 2.2663 
Eig. Value: 2.0907 2.4768 2.2943 
Ca: 2.5984 0.0000 0.0000 
0.0000 2.2441 -0.1736 
-0.0000 -0.0130 2.0591 
Eig. Value: 2.5984 2.2830 2.0202 
Ca: 2.1675 0.1591 0.0000 
0.1614 2.5075 -0.0000 
-0.0000 -0.0000 2.3084 
Eig. Value: 2.1039 2.5711 2.3084 
Ca: 2.4806 -0.0000 0.0000 
0.0000 1.9920 -0.0470 
0.0000 -0.1097 2.1804 
Eig. Value: 2.4806 1.9637 2.2087 
Ca: 2.0892 0.0775 0.0000 
0.0221 2.3956 -0.0000 
0.0000 -0.0000 2.2635 
Eig. Value: 2.0813 2.4035 2.2635 
Si: 3.0209 -0.1323 -0.0944 
-0.2490 2.7247 -0.0292 
-0.1198 -0.1286 2.8961 
Eig. Value: 3.1323 2.5855 2.9238 
Si: 3.1411 -0.0817 -0.0703 
-0.0417 2.9287 -0.1407 
-0.1906 0.0835 2.9620 
Eig. Value: 3.2159 2.9634 2.8525 
Si: 2.9252 -0.0618 0.2869 
-0.0878 2.9092 0.0878 
0.2199 -0.0139 2.8813 
Eig. Value: 3.1614 2.9270 2.6273 
O: -1.6301 -0.2790 0.0576 
-0.2891 -2.1774 0.0886 
0.0001 0.2175 -1.4724 
Eig. Value: -1.5232 -2.3254 -1.4314 
O: -1.6367 -0.1418 0.1934 
-0.1401 -1.5945 0.4319 
0.2467 0.4089 -1.9499 
Eig. Value: -1.5379 -1.3157 -2.3275 
O: -2.2284 0.4126 -0.5798 
0.4370 -1.3855 0.1013 
-0.4566 0.0432 -1.5774 
Eig. Value: -2.6475 -1.1355 -1.4084 
O: -2.4422 0.3981 -0.6231 
0.3676 -1.4496 0.3443 
-0.5856 0.3403 -1.4977 
Eig. Value: -2.9059 -1.3801 -1.1035 
O: -1.5076 -0.1243 -0.0307 
-0.1487 -2.3181 0.1153 
-0.0074 0.1659 -1.5285 
Eig. Value: -1.4534 -2.3626 -1.5381 
O: -1.4926 -0.2292 0.1426 
-0.1830 -2.2604 0.1572 
0.2465 0.0776 -1.6467 
Eig. Value: -1.3469 -2.3508 -1.7021 
O: -1.7659 -0.2127 -0.3824 
-0.1796 -1.5951 -0.1664 
-0.3824 -0.2304 -1.9724 
Eig. Value: -1.4493 -1.5192 -2.3649 
O: -1.7990 0.3136 0.2565 
0.3194 -1.9395 -0.2756 
0.1919 -0.2088 -1.7335 
Eig. Value: -1.5311 -2.3652 -1.5757 
O: -1.4673 -0.1533 -0.0661 
-0.2146 -1.6932 0.1782 
-0.0632 0.1293 -2.4473 
Eig. Value: -1.3483 -1.7812 -2.4782 
O: -1.3522 -0.2332 -0.0008 
-0.2830 -1.4830 -0.2138 
0.0104 -0.2648 -2.2225 
Eig. Value: -1.1293 -1.6298 -2.2986 
O: -1.7166 0.0000 -0.0000 
0.0000 -1.2056 -0.0792 
0.0000 -0.1028 -1.2173 
Eig. Value: -1.7166 -1.1203 -1.3026 
O: -1.6955 -0.0000 0.0000 
-0.0000 -1.1232 -0.0966 
-0.0000 -0.1047 -1.4066 
Eig. Value: -1.6955 -1.0911 -1.4387 
H: 0.4979 0.2807 0.3967 
0.3017 0.7613 0.6277 
0.5651 0.7954 1.2739 
Eig. Value: 0.3117 0.2359 1.9855 
H: 0.4130 -0.0000 0.0000 
-0.0000 0.3709 0.0371 
-0.0000 0.0616 0.3300 
Eig. Value: 0.4130 0.4039 0.2970 
H: 0.4979 -0.0000 -0.0000 
0.0000 0.3039 0.0471 
-0.0000 0.0192 0.3519 
Eig. Value: 0.4979 0.2870 0.3688 
Ca: 2.1757 0.2186 0.0374 
0.1539 2.3780 -0.0282 
0.0352 0.0371 2.3341 
Eig. Value: 2.0618 2.4920 2.3340 
Ca: 2.1437 0.0501 0.0972 
-0.0707 2.4519 0.0627 
0.0835 0.0784 2.2663 
Eig. Value: 2.0907 2.4768 2.2943 
Ca: 2.5984 0.0000 -0.0000 
0.0000 2.2441 0.1736 
0.0000 0.0130 2.0591 
Eig. Value: 2.5984 2.2830 2.0202 
Ca: 2.4806 -0.0000 -0.0000 
0.0000 1.9920 0.0470 
-0.0000 0.1097 2.1804 
Eig. Value: 2.4806 1.9637 2.2087 
Si: 3.0209 -0.1323 0.0944 
-0.2490 2.7247 0.0292 
0.1198 0.1286 2.8961 
Eig. Value: 3.1323 2.5855 2.9238 
Si: 3.1411 -0.0817 0.0703 
-0.0417 2.9287 0.1407 
0.1906 -0.0835 2.9620 
Eig. Value: 3.2159 2.9634 2.8525 
Si: 2.9252 -0.0618 -0.2869 
-0.0878 2.9092 -0.0878 
-0.2199 0.0139 2.8813 
Eig. Value: 3.1614 2.9270 2.6273 
O: -1.6301 -0.2790 -0.0576 
-0.2891 -2.1774 -0.0886 
-0.0001 -0.2175 -1.4724 
Eig. Value: -1.5232 -2.3254 -1.4314 
O: -1.6367 -0.1418 -0.1934 
-0.1401 -1.5945 -0.4319 
-0.2467 -0.4089 -1.9499 
Eig. Value: -1.5379 -1.3157 -2.3275 
O: -2.2284 0.4126 0.5798 
0.4370 -1.3855 -0.1013 
0.4566 -0.0432 -1.5774 
Eig. Value: -2.6475 -1.1355 -1.4084 
O: -2.4422 0.3981 0.6231 
0.3676 -1.4496 -0.3443 
0.5856 -0.3403 -1.4977 
Eig. Value: -2.9059 -1.3801 -1.1035 
O: -1.5076 -0.1243 0.0307 
-0.1487 -2.3181 -0.1153 
0.0074 -0.1659 -1.5285 
Eig. Value: -1.4534 -2.3626 -1.5381 
O: -1.4926 -0.2292 -0.1426 
-0.1830 -2.2604 -0.1572 
-0.2465 -0.0776 -1.6467 
Eig. Value: -1.3469 -2.3508 -1.7021 
O: -1.7659 -0.2127 0.3824 
-0.1796 -1.5951 0.1664 
0.3824 0.2304 -1.9724 
Eig. Value: -1.4493 -1.5192 -2.3649 
O: -1.7990 0.3136 -0.2565 
0.3194 -1.9395 0.2756 
-0.1919 0.2088 -1.7335 
Eig. Value: -1.5311 -2.3652 -1.5757 
O: -1.4673 -0.1533 0.0661 
-0.2146 -1.6932 -0.1782 
0.0632 -0.1293 -2.4473 
Eig. Value: -1.3483 -1.7812 -2.4782 
O: -1.3522 -0.2332 0.0008 
-0.2830 -1.4830 0.2138 
-0.0104 0.2648 -2.2225 
Eig. Value: -1.1293 -1.6298 -2.2986 
O: -1.7166 0.0000 0.0000 
0.0000 -1.2056 0.0792 
-0.0000 0.1028 -1.2173 
Eig. Value: -1.7166 -1.1203 -1.3026 
O: -1.6955 -0.0000 -0.0000 
-0.0000 -1.1232 0.0966 
0.0000 0.1047 -1.4066 
Eig. Value: -1.6955 -1.0911 -1.4387 
H: 0.4979 0.2807 -0.3967 
0.3017 0.7613 -0.6277 
-0.5651 -0.7954 1.2739 
Eig. Value: 0.3117 0.2359 1.9855 
H: 0.4130 -0.0000 -0.0000 
-0.0000 0.3709 -0.0371 
0.0000 -0.0616 0.3300 
Eig. Value: 0.4130 0.4039 0.2970 
H: 0.4979 -0.0000 0.0000 
0.0000 0.3039 -0.0471 
0.0000 -0.0192 0.3519 
Eig. Value: 0.4979 0.2870 0.3688 
Ca: 2.1757 -0.2186 -0.0374 
-0.1539 2.3780 -0.0282 
-0.0352 0.0371 2.3341 
Eig. Value: 2.0618 2.4920 2.3340 
Ca: 2.1437 -0.0501 -0.0972 
0.0707 2.4519 0.0627 
-0.0835 0.0784 2.2663 
Eig. Value: 2.0907 2.4768 2.2943 
Ca: 2.1675 -0.1591 -0.0000 
-0.1614 2.5075 0.0000 
0.0000 -0.0000 2.3084 
Eig. Value: 2.1039 2.5711 2.3084 
Ca: 2.0892 -0.0775 0.0000 
-0.0221 2.3956 0.0000 
0.0000 0.0000 2.2635 
Eig. Value: 2.0813 2.4035 2.2635 
Si: 3.0209 0.1323 -0.0944 
0.2490 2.7247 0.0292 
-0.1198 0.1286 2.8961 
Eig. Value: 3.1323 2.5855 2.9238 
Si: 3.1411 0.0817 -0.0703 
0.0417 2.9287 0.1407 
-0.1906 -0.0835 2.9620 
Eig. Value: 3.2159 2.9634 2.8525 
Si: 2.9252 0.0618 0.2869 
0.0878 2.9092 -0.0878 
0.2199 0.0139 2.8813 
Eig. Value: 3.1614 2.9270 2.6273 
O: -1.6302 0.2790 0.0576 
0.2892 -2.1774 -0.0886 
0.0001 -0.2175 -1.4724 
Eig. Value: -1.5232 -2.3254 -1.4314 
O: -1.6365 0.1418 0.1934 
0.1401 -1.5945 -0.4319 
0.2467 -0.4089 -1.9499 
Eig. Value: -1.5378 -1.3157 -2.3275 
O: -2.2282 -0.4126 -0.5798 
-0.4370 -1.3855 -0.1013 
-0.4565 -0.0432 -1.5774 
Eig. Value: -2.6474 -1.1354 -1.4084 
O: -2.4420 -0.3981 -0.6231 
-0.3675 -1.4496 -0.3443 
-0.5855 -0.3403 -1.4977 
Eig. Value: -2.9058 -1.3801 -1.1035 
O: -1.5075 0.1243 -0.0307 
0.1487 -2.3181 -0.1153 
-0.0074 -0.1659 -1.5285 
Eig. Value: -1.4534 -2.3626 -1.5381 
O: -1.4928 0.2292 0.1426 
0.1830 -2.2604 -0.1572 
0.2465 -0.0776 -1.6467 
Eig. Value: -1.3470 -2.3508 -1.7022 
O: -1.7657 0.2127 -0.3824 
0.1795 -1.5951 0.1664 
-0.3824 0.2304 -1.9724 
Eig. Value: -1.4493 -1.5192 -2.3648 
O: -1.7990 -0.3136 0.2565 
-0.3194 -1.9395 0.2756 
0.1919 0.2088 -1.7335 
Eig. Value: -1.5311 -2.3652 -1.5757 
O: -1.4674 0.1533 -0.0661 
0.2146 -1.6932 -0.1782 
-0.0632 -0.1293 -2.4473 
Eig. Value: -1.3484 -1.7812 -2.4782 
O: -1.3522 0.2332 -0.0008 
0.2830 -1.4830 0.2138 
0.0104 0.2648 -2.2225 
Eig. Value: -1.1293 -1.6299 -2.2986 
H: 0.4979 -0.2807 0.3967 
-0.3017 0.7613 -0.6277 
0.5651 -0.7954 1.2739 
Eig. Value: 0.3117 0.2359 1.9855 
Ca: 2.1757 -0.2186 0.0374 
-0.1539 2.3780 0.0282 
0.0352 -0.0371 2.3341 
Eig. Value: 2.0618 2.4920 2.3340 
Ca: 2.1437 -0.0501 0.0972 
0.0707 2.4519 -0.0627 
0.0835 -0.0784 2.2663 
Eig. Value: 2.0907 2.4768 2.2943 
Si: 3.0209 0.1323 0.0944 
0.2490 2.7247 -0.0292 
0.1198 -0.1286 2.8961 
Eig. Value: 3.1323 2.5855 2.9238 
Si: 3.1411 0.0817 0.0703 
0.0417 2.9287 -0.1407 
0.1906 0.0835 2.9620 
Eig. Value: 3.2159 2.9634 2.8525 
Si: 2.9252 0.0618 -0.2869 
0.0878 2.9092 0.0878 
-0.2199 -0.0139 2.8813 
Eig. Value: 3.1614 2.9270 2.6273 
O: -1.6302 0.2790 -0.0576 
0.2892 -2.1774 0.0886 
-0.0001 0.2175 -1.4724 
Eig. Value: -1.5232 -2.3254 -1.4314 
O: -1.6365 0.1418 -0.1934 
0.1401 -1.5945 0.4319 
-0.2467 0.4089 -1.9499 
Eig. Value: -1.5378 -1.3157 -2.3275 
O: -2.2282 -0.4126 0.5798 
-0.4370 -1.3855 0.1013 
0.4565 0.0432 -1.5774 
Eig. Value: -2.6474 -1.1354 -1.4084 
O: -2.4420 -0.3981 0.6231 
-0.3675 -1.4496 0.3443 
0.5855 0.3403 -1.4977 
Eig. Value: -2.9058 -1.3801 -1.1035 
O: -1.5075 0.1243 0.0307 
0.1487 -2.3181 0.1153 
0.0074 0.1659 -1.5285 
Eig. Value: -1.4534 -2.3626 -1.5381 
O: -1.4928 0.2292 -0.1426 
0.1830 -2.2604 0.1572 
-0.2465 0.0776 -1.6467 
Eig. Value: -1.3470 -2.3508 -1.7022 
O: -1.7657 0.2127 0.3824 
0.1795 -1.5951 -0.1664 
0.3824 -0.2304 -1.9724 
Eig. Value: -1.4493 -1.5192 -2.3648 
O: -1.7990 -0.3136 -0.2565 
-0.3194 -1.9395 -0.2756 
-0.1919 -0.2088 -1.7335 
Eig. Value: -1.5311 -2.3652 -1.5757 
O: -1.4674 0.1533 0.0661 
0.2146 -1.6932 0.1782 
0.0632 0.1293 -2.4473 
Eig. Value: -1.3484 -1.7812 -2.4782 
O: -1.3522 0.2332 0.0008 
0.2830 -1.4830 -0.2138 
-0.0104 -0.2648 -2.2225 
Eig. Value: -1.1293 -1.6299 -2.2986 
H: 0.4979 -0.2807 -0.3967 
-0.3017 0.7613 0.6277 
-0.5651 0.7954 1.2739 
Eig. Value: 0.3117 0.2359 1.9855 
Atom type 

Dielectric tensors: 

 
Ɛ2.7211 0.0000 0.0000 
0.0000 2.8883 0.0000 
0.0000 0.0000 2.9046 
Eig. Value: 2.7211 2.8883 2.9046 
Refractive index (N): 1.6496 0.0000 0.0000 
0.0000 1.6995 0.0000 
0.0000 0.0000 1.7043 
Eig. Value: 1.6496 1.6995 1.7043 
Ɛ00.0000 0.0000 0.0000 
0.0000 0.0000 0.0000 
0.0000 0.0000 0.0000 
Eig. Value: 0.0000 0.0000 0.0000