-    NESQUEHONITE     -    MgCO33H2O

Theoretical atomic positions and lattice parameters at experimental volum from AMCSD 

Crystal Structure 


Because of the translational symmetry all the calculations are performed in the primitive unit cell and not in the conventional unit cell. The following information regarding the structure is given with respect to this primitive unit cell, which sometimes can take an unintuitive shape.

Symmetry (experimental): 

Space group:  56  Pccn 
Lattice parameters (Å):  7.7010  5.3650  12.1260 
Angles (°):  90  90.41  90 

Symmetry (theoretical): 

Space group:  56  Pccn 
Lattice parameters (Å):  7.8918  5.4633  11.6239 
Angles (°):  90  91.56  90 

Cell contents: 

Number of atoms:  56 
Number of atom types: 
Chemical composition: 

Atomic positions (theoretical):

Mg:  0.2611  0.0881  0.1461 
C:  0.2349  0.1376  0.4138 
O:  0.5278  0.0844  0.1585 
O:  0.0005  0.0910  0.1387 
O:  0.2733  0.4150  0.0555 
O:  0.2390  0.2058  0.3086 
O:  0.2628  0.8138  0.0117 
O:  0.3050  0.3343  0.8284 
H:  0.5928  0.1584  0.0944 
H:  0.5840  0.9191  0.1670 
H:  0.9142  0.1360  0.0785 
H:  0.9420  0.0962  0.2129 
H:  0.1933  0.3268  0.7884 
H:  0.2873  0.3801  0.9114 
Mg:  0.2389  0.5881  0.3539 
C:  0.2651  0.6376  0.0862 
O:  0.9722  0.5844  0.3415 
O:  0.4995  0.5910  0.3613 
O:  0.2267  0.9150  0.4445 
O:  0.2610  0.7058  0.1914 
O:  0.2372  0.3138  0.4883 
O:  0.1950  0.8343  0.6716 
H:  0.9072  0.6584  0.4056 
H:  0.9160  0.4191  0.3330 
H:  0.5858  0.6360  0.4215 
H:  0.5580  0.5962  0.2871 
H:  0.3067  0.8268  0.7116 
H:  0.2127  0.8801  0.5886 
Mg:  0.7389  0.9119  0.8539 
C:  0.7651  0.8624  0.5862 
O:  0.4722  0.9156  0.8415 
O:  0.9995  0.9090  0.8613 
O:  0.7267  0.5850  0.9445 
O:  0.7610  0.7942  0.6914 
O:  0.7372  0.1862  0.9883 
O:  0.6950  0.6657  0.1716 
H:  0.4072  0.8416  0.9056 
H:  0.4160  0.0809  0.8330 
H:  0.0858  0.8640  0.9215 
H:  0.0580  0.9038  0.7871 
H:  0.8067  0.6732  0.2116 
H:  0.7127  0.6199  0.0886 
Mg:  0.7611  0.4119  0.6461 
C:  0.7349  0.3624  0.9138 
O:  0.0278  0.4156  0.6585 
O:  0.5005  0.4090  0.6387 
O:  0.7733  0.0850  0.5555 
O:  0.7390  0.2942  0.8086 
O:  0.7628  0.6862  0.5117 
O:  0.8050  0.1657  0.3284 
H:  0.0928  0.3416  0.5944 
H:  0.0840  0.5809  0.6670 
H:  0.4142  0.3640  0.5785 
H:  0.4420  0.4038  0.7129 
H:  0.6933  0.1732  0.2884 
H:  0.7873  0.1199  0.4114 
Atom type 

We have listed here the reduced coordinates of all the atoms in the primitive unit cell.
It is enough to know only the position of the atoms from the assymetrical unit cell and then use the symmetry to build the whole crystal structure.

Visualization of the crystal structure: 

Size:

Nx:  Ny:  Nz: 
You can define the size of the supercell to be displayed in the jmol panel as integer translations along the three crys­tallo­gra­phic axis.
Please note that the structure is represented using the pri­mi­tive cell, and not the conventional one.
   

Dielectric Properties 


We define:

  • The Born effective charges, also called dynamical charges, are tensors that correspond to the energy derivative with respect to atomic displacements and electric fields or, equivalently, to the change in atomic force due to an electric field: The sum of the Born effective charges of all nuclei in one cell must vanish, element by element, along each of the three directions of the space.
  • The dielectric tensors are the energy derivative with respect to two electric fields. They also relate the induced polarization to the external electric field.

Born effective charges (Z): 

Mg: 2.0635 -0.0335 -0.0555 
-0.0345 2.2495 -0.0311 
-0.0732 0.2217 1.9385 
Eig. Value: 2.0690 2.2880 1.8945 
C: 0.2686 0.1507 -0.0745 
0.1286 3.1774 -0.0547 
-0.0872 -0.0297 2.9363 
Eig. Value: 0.2596 3.1924 2.9303 
O: -1.2617 0.0302 -0.0451 
0.0315 -1.3365 0.1704 
0.0561 0.1673 -1.1590 
Eig. Value: -1.2607 -1.4416 -1.0549 
O: -1.2032 0.0358 -0.0465 
0.0882 -0.8628 0.0634 
-0.1464 0.0371 -1.3416 
Eig. Value: -1.1570 -0.8495 -1.4011 
O: -0.5664 0.0979 0.0954 
0.0960 -2.3343 -0.3914 
0.0794 -0.3177 -1.4093 
Eig. Value: -0.5552 -2.4621 -1.2926 
O: -0.6643 -0.0226 0.0848 
-0.0239 -1.2411 0.2746 
0.0882 0.2850 -2.4368 
Eig. Value: -0.6600 -1.1789 -2.5034 
O: -0.9078 0.0559 -0.0124 
0.0132 -1.6963 0.6907 
0.0059 0.6640 -1.8474 
Eig. Value: -0.9044 -1.0933 -2.4538 
O: -0.9106 0.1464 0.0072 
0.2371 -1.1258 -0.1035 
-0.0387 -0.0504 -1.5753 
Eig. Value: -0.7948 -1.2285 -1.5885 
H: 0.6009 0.1705 -0.3358 
0.2052 0.4447 -0.2722 
-0.4406 -0.2383 0.8947 
Eig. Value: 0.3385 0.3191 1.2826 
H: 0.5640 -0.3700 0.0795 
-0.4012 1.1112 -0.0880 
0.0901 -0.0949 0.3155 
Eig. Value: 0.3789 1.3247 0.2870 
H: 0.7155 -0.1234 0.3977 
-0.1785 0.3972 -0.1768 
0.4928 -0.1531 0.8011 
Eig. Value: 0.3110 0.3395 1.2633 
H: 0.5094 0.0002 -0.2929 
-0.0104 0.3590 0.0785 
-0.2801 0.0871 0.8753 
Eig. Value: 0.3164 0.3867 1.0406 
H: 0.5571 0.0059 0.2913 
-0.0348 0.4092 -0.1199 
0.3143 -0.0818 0.6150 
Eig. Value: 0.2584 0.4181 0.9048 
H: 0.2350 -0.0249 -0.0933 
-0.0190 0.4486 0.4290 
-0.0607 0.2692 1.3930 
Eig. Value: 0.2299 0.3337 1.5131 
Mg: 2.0635 0.0335 -0.0555 
0.0345 2.2495 0.0311 
-0.0732 -0.2217 1.9385 
Eig. Value: 2.0690 2.2880 1.8945 
C: 0.2686 -0.1507 -0.0745 
-0.1286 3.1774 0.0547 
-0.0872 0.0297 2.9363 
Eig. Value: 0.2596 3.1924 2.9303 
O: -1.2617 -0.0302 -0.0451 
-0.0315 -1.3365 -0.1704 
0.0561 -0.1673 -1.1590 
Eig. Value: -1.2607 -1.4416 -1.0549 
O: -1.2032 -0.0358 -0.0465 
-0.0882 -0.8628 -0.0634 
-0.1464 -0.0371 -1.3416 
Eig. Value: -1.1570 -0.8495 -1.4011 
O: -0.5664 -0.0979 0.0954 
-0.0960 -2.3343 0.3914 
0.0794 0.3177 -1.4093 
Eig. Value: -0.5552 -2.4621 -1.2926 
O: -0.6643 0.0226 0.0848 
0.0239 -1.2411 -0.2746 
0.0882 -0.2850 -2.4368 
Eig. Value: -0.6600 -1.1789 -2.5034 
O: -0.9078 -0.0559 -0.0124 
-0.0132 -1.6963 -0.6907 
0.0059 -0.6640 -1.8474 
Eig. Value: -0.9044 -1.0933 -2.4538 
O: -0.9106 -0.1464 0.0072 
-0.2371 -1.1258 0.1035 
-0.0387 0.0504 -1.5753 
Eig. Value: -0.7948 -1.2285 -1.5885 
H: 0.6009 -0.1705 -0.3358 
-0.2052 0.4447 0.2722 
-0.4406 0.2383 0.8947 
Eig. Value: 0.3385 0.3191 1.2826 
H: 0.5640 0.3700 0.0795 
0.4012 1.1112 0.0880 
0.0901 0.0949 0.3155 
Eig. Value: 0.3789 1.3247 0.2870 
H: 0.7155 0.1234 0.3977 
0.1785 0.3972 0.1768 
0.4928 0.1531 0.8011 
Eig. Value: 0.3110 0.3395 1.2633 
H: 0.5094 -0.0002 -0.2929 
0.0104 0.3590 -0.0785 
-0.2801 -0.0871 0.8753 
Eig. Value: 0.3164 0.3867 1.0406 
H: 0.5571 -0.0059 0.2913 
0.0348 0.4092 0.1199 
0.3143 0.0818 0.6150 
Eig. Value: 0.2584 0.4181 0.9048 
H: 0.2350 0.0249 -0.0933 
0.0190 0.4486 -0.4290 
-0.0607 -0.2692 1.3930 
Eig. Value: 0.2299 0.3337 1.5131 
Mg: 2.0635 -0.0335 -0.0555 
-0.0345 2.2495 -0.0311 
-0.0732 0.2217 1.9385 
Eig. Value: 2.0690 2.2880 1.8945 
C: 0.2686 0.1507 -0.0745 
0.1286 3.1774 -0.0547 
-0.0872 -0.0297 2.9363 
Eig. Value: 0.2596 3.1924 2.9303 
O: -1.2617 0.0302 -0.0451 
0.0315 -1.3365 0.1704 
0.0561 0.1673 -1.1590 
Eig. Value: -1.2607 -1.4416 -1.0549 
O: -1.2032 0.0358 -0.0465 
0.0882 -0.8628 0.0634 
-0.1464 0.0371 -1.3416 
Eig. Value: -1.1570 -0.8495 -1.4011 
O: -0.5664 0.0979 0.0954 
0.0960 -2.3343 -0.3914 
0.0794 -0.3177 -1.4093 
Eig. Value: -0.5552 -2.4621 -1.2926 
O: -0.6643 -0.0226 0.0848 
-0.0239 -1.2411 0.2746 
0.0882 0.2850 -2.4368 
Eig. Value: -0.6600 -1.1789 -2.5034 
O: -0.9078 0.0559 -0.0124 
0.0132 -1.6963 0.6907 
0.0059 0.6640 -1.8474 
Eig. Value: -0.9044 -1.0933 -2.4538 
O: -0.9106 0.1464 0.0072 
0.2371 -1.1258 -0.1035 
-0.0387 -0.0504 -1.5753 
Eig. Value: -0.7948 -1.2285 -1.5885 
H: 0.6009 0.1705 -0.3358 
0.2052 0.4447 -0.2722 
-0.4406 -0.2383 0.8947 
Eig. Value: 0.3385 0.3191 1.2826 
H: 0.5640 -0.3700 0.0795 
-0.4012 1.1112 -0.0880 
0.0901 -0.0949 0.3155 
Eig. Value: 0.3789 1.3247 0.2870 
H: 0.7155 -0.1234 0.3977 
-0.1785 0.3972 -0.1768 
0.4928 -0.1531 0.8011 
Eig. Value: 0.3110 0.3395 1.2633 
H: 0.5094 0.0002 -0.2929 
-0.0104 0.3590 0.0785 
-0.2801 0.0871 0.8753 
Eig. Value: 0.3164 0.3867 1.0406 
H: 0.5571 0.0059 0.2913 
-0.0348 0.4092 -0.1199 
0.3143 -0.0818 0.6150 
Eig. Value: 0.2584 0.4181 0.9048 
H: 0.2350 -0.0249 -0.0933 
-0.0190 0.4486 0.4290 
-0.0607 0.2692 1.3930 
Eig. Value: 0.2299 0.3337 1.5131 
Mg: 2.0635 0.0335 -0.0555 
0.0345 2.2495 0.0311 
-0.0732 -0.2217 1.9385 
Eig. Value: 2.0690 2.2880 1.8945 
C: 0.2686 -0.1507 -0.0745 
-0.1286 3.1774 0.0547 
-0.0872 0.0297 2.9363 
Eig. Value: 0.2596 3.1924 2.9303 
O: -1.2617 -0.0302 -0.0451 
-0.0315 -1.3365 -0.1704 
0.0561 -0.1673 -1.1590 
Eig. Value: -1.2607 -1.4416 -1.0549 
O: -1.2032 -0.0358 -0.0465 
-0.0882 -0.8628 -0.0634 
-0.1464 -0.0371 -1.3416 
Eig. Value: -1.1570 -0.8495 -1.4011 
O: -0.5664 -0.0979 0.0954 
-0.0960 -2.3343 0.3914 
0.0794 0.3177 -1.4093 
Eig. Value: -0.5552 -2.4621 -1.2926 
O: -0.6643 0.0226 0.0848 
0.0239 -1.2411 -0.2746 
0.0882 -0.2850 -2.4368 
Eig. Value: -0.6600 -1.1789 -2.5034 
O: -0.9078 -0.0559 -0.0124 
-0.0132 -1.6963 -0.6907 
0.0059 -0.6640 -1.8474 
Eig. Value: -0.9044 -1.0933 -2.4538 
O: -0.9106 -0.1464 0.0072 
-0.2371 -1.1258 0.1035 
-0.0387 0.0504 -1.5753 
Eig. Value: -0.7948 -1.2285 -1.5885 
H: 0.6009 -0.1705 -0.3358 
-0.2052 0.4447 0.2722 
-0.4406 0.2383 0.8947 
Eig. Value: 0.3385 0.3191 1.2826 
H: 0.5640 0.3700 0.0795 
0.4012 1.1112 0.0880 
0.0901 0.0949 0.3155 
Eig. Value: 0.3789 1.3247 0.2870 
H: 0.7155 0.1234 0.3977 
0.1785 0.3972 0.1768 
0.4928 0.1531 0.8011 
Eig. Value: 0.3110 0.3395 1.2633 
H: 0.5094 -0.0002 -0.2929 
0.0104 0.3590 -0.0785 
-0.2801 -0.0871 0.8753 
Eig. Value: 0.3164 0.3867 1.0406 
H: 0.5571 -0.0059 0.2913 
0.0348 0.4092 0.1199 
0.3143 0.0818 0.6150 
Eig. Value: 0.2584 0.4181 0.9048 
H: 0.2350 0.0249 -0.0933 
0.0190 0.4486 -0.4290 
-0.0607 -0.2692 1.3930 
Eig. Value: 0.2299 0.3337 1.5131 
Atom type 

Dielectric tensors: 

 
Ɛ2.0904 0.0000 0.0000 
0.0000 2.3576 0.0000 
0.0000 0.0000 2.4800 
Eig. Value: 2.0904 2.3576 2.4800 
Refractive index (N): 1.4458 0.0000 0.0000 
0.0000 1.5354 0.0000 
0.0000 0.0000 1.5748 
Eig. Value: 1.4458 1.5354 1.5748 
Ɛ00.0000 0.0000 0.0000 
0.0000 0.0000 0.0000 
0.0000 0.0000 0.0000 
Eig. Value: 0.0000 0.0000 0.0000