-    Na2S2O3(H2O)5     -    Na2S2O3(H2O)5

The crystal structure is fully relaxed (both unit cell parameters and atomic positions under symmetry constraints) starting from an experimental structure similar to the one reported in ICSD database; code 936 

Crystal Structure 


Because of the translational symmetry all the calculations are performed in the primitive unit cell and not in the conventional unit cell. The following information regarding the structure is given with respect to this primitive unit cell, which sometimes can take an unintuitive shape.

Symmetry (experimental): 

Space group:  14  P1_21/c_1 
Lattice parameters (Å):  5.9410  21.5700  7.5250 
Angles (°):  90.0  103.55  90.0 

Symmetry (theoretical): 

Space group:  14  P1_21/c_1 
Lattice parameters (Å):  5.7160  20.5723  7.2707 
Angles (°):  90  103.55  90 

Cell contents: 

Number of atoms:  88 
Number of atom types: 
Chemical composition: 

Atomic positions (theoretical):

S:  0.1039  0.0633  0.1016 
S:  0.1487  0.1422  0.2723 
Na:  0.7301  0.3407  0.0833 
Na:  0.2588  0.4090  0.2117 
O:  0.3465  0.1300  0.4348 
O:  0.9241  0.1565  0.3285 
O:  0.2040  0.1975  0.1573 
O:  0.6238  0.2319  0.0864 
O:  0.0941  0.3140  0.2745 
O:  0.6184  0.3687  0.3583 
O:  0.8675  0.4468  0.0991 
O:  0.6521  0.0175  0.2490 
H:  0.4701  0.2217  0.1208 
H:  0.7466  0.2098  0.1864 
H:  0.1421  0.2714  0.2323 
H:  0.1166  0.3101  0.4125 
H:  0.6170  0.3286  0.4371 
H:  0.7649  0.3925  0.4195 
H:  0.8543  0.4836  0.1823 
H:  0.7836  0.4609  0.9686 
H:  0.7642  0.0376  0.1806 
H:  0.4902  0.0358  0.1961 
S:  0.8961  0.5633  0.3984 
S:  0.8513  0.6422  0.2277 
Na:  0.2699  0.8407  0.4167 
Na:  0.7412  0.9090  0.2883 
O:  0.6535  0.6300  0.0652 
O:  0.0759  0.6565  0.1715 
O:  0.7960  0.6975  0.3427 
O:  0.3762  0.7319  0.4136 
O:  0.9059  0.8140  0.2255 
O:  0.3816  0.8687  0.1417 
O:  0.1325  0.9468  0.4009 
O:  0.3479  0.5175  0.2510 
H:  0.5299  0.7217  0.3792 
H:  0.2534  0.7098  0.3136 
H:  0.8579  0.7714  0.2677 
H:  0.8834  0.8101  0.0875 
H:  0.3830  0.8286  0.0629 
H:  0.2351  0.8925  0.0805 
H:  0.1457  0.9836  0.3177 
H:  0.2164  0.9609  0.5314 
H:  0.2358  0.5376  0.3194 
H:  0.5098  0.5358  0.3039 
S:  0.8961  0.9367  0.8984 
S:  0.8513  0.8578  0.7277 
Na:  0.2699  0.6593  0.9167 
Na:  0.7412  0.5910  0.7883 
O:  0.6535  0.8700  0.5652 
O:  0.0759  0.8435  0.6715 
O:  0.7960  0.8025  0.8427 
O:  0.3762  0.7681  0.9136 
O:  0.9059  0.6860  0.7255 
O:  0.3816  0.6313  0.6417 
O:  0.1325  0.5532  0.9009 
O:  0.3479  0.9825  0.7510 
H:  0.5299  0.7783  0.8792 
H:  0.2534  0.7902  0.8136 
H:  0.8579  0.7286  0.7677 
H:  0.8834  0.6899  0.5875 
H:  0.3830  0.6714  0.5629 
H:  0.2351  0.6075  0.5805 
H:  0.1457  0.5164  0.8177 
H:  0.2164  0.5391  0.0314 
H:  0.2358  0.9624  0.8194 
H:  0.5098  0.9642  0.8039 
S:  0.1039  0.4367  0.6016 
S:  0.1487  0.3578  0.7723 
Na:  0.7301  0.1593  0.5833 
Na:  0.2588  0.0910  0.7117 
O:  0.3465  0.3700  0.9348 
O:  0.9241  0.3435  0.8285 
O:  0.2040  0.3025  0.6573 
O:  0.6238  0.2681  0.5864 
O:  0.0941  0.1860  0.7745 
O:  0.6184  0.1313  0.8583 
O:  0.8675  0.0532  0.5991 
O:  0.6521  0.4825  0.7490 
H:  0.4701  0.2783  0.6208 
H:  0.7466  0.2902  0.6864 
H:  0.1421  0.2286  0.7323 
H:  0.1166  0.1899  0.9125 
H:  0.6170  0.1714  0.9371 
H:  0.7649  0.1075  0.9195 
H:  0.8543  0.0164  0.6823 
H:  0.7836  0.0391  0.4686 
H:  0.7642  0.4624  0.6806 
H:  0.4902  0.4642  0.6961 
Atom type 

We have listed here the reduced coordinates of all the atoms in the primitive unit cell.
It is enough to know only the position of the atoms from the assymetrical unit cell and then use the symmetry to build the whole crystal structure.

Visualization of the crystal structure: 

Size:

Nx:  Ny:  Nz: 
You can define the size of the supercell to be displayed in the jmol panel as integer translations along the three crys­tallo­gra­phic axis.
Please note that the structure is represented using the pri­mi­tive cell, and not the conventional one.
   

Dielectric Properties 


We define:

  • The Born effective charges, also called dynamical charges, are tensors that correspond to the energy derivative with respect to atomic displacements and electric fields or, equivalently, to the change in atomic force due to an electric field: The sum of the Born effective charges of all nuclei in one cell must vanish, element by element, along each of the three directions of the space.
  • The dielectric tensors are the energy derivative with respect to two electric fields. They also relate the induced polarization to the external electric field.

Born effective charges (Z): 

S: -1.0458 0.0568 -0.1194 
0.1489 -1.1616 -0.2014 
-0.0627 -0.0595 -0.8534 
Eig. Value: -1.0704 -1.2365 -0.7539 
S: 2.6737 0.2629 -0.0985 
-0.0370 3.8214 0.5017 
-0.0318 0.2339 2.8333 
Eig. Value: 2.5900 3.9492 2.7891 
Na: 1.0930 -0.0165 -0.0170 
0.0209 1.0902 -0.0982 
0.0678 0.0091 1.1794 
Eig. Value: 1.0942 1.0658 1.2026 
Na: 0.9827 -0.0364 -0.0228 
-0.0117 0.9908 -0.0315 
-0.0710 0.0966 1.2511 
Eig. Value: 0.9614 0.9994 1.2639 
O: -1.1965 -0.0312 -0.5499 
-0.0556 -1.0192 -0.2654 
-0.6107 -0.0138 -1.7912 
Eig. Value: -0.8342 -1.0091 -2.1635 
O: -1.8707 0.4569 0.2680 
0.5952 -1.3233 -0.1794 
0.3361 -0.0840 -1.0740 
Eig. Value: -2.2786 -1.0383 -0.9511 
O: -1.2113 -0.5615 0.3592 
-0.4828 -2.5533 0.4897 
0.2833 0.1963 -1.3099 
Eig. Value: -0.9087 -2.8532 -1.3126 
O: -1.4232 0.2042 -0.1530 
0.0725 -1.2315 -0.0327 
-0.0542 -0.1244 -0.9296 
Eig. Value: -1.5014 -1.2071 -0.8758 
O: -0.8642 0.0607 0.1027 
0.1463 -1.3492 -0.4346 
0.1050 -0.3307 -1.2689 
Eig. Value: -0.8384 -1.7189 -0.9250 
O: -1.1393 -0.2743 -0.0384 
-0.2212 -1.2371 0.0829 
-0.1048 -0.0015 -1.0530 
Eig. Value: -0.8941 -1.4412 -1.0940 
O: -0.8383 -0.0321 -0.0345 
-0.0142 -0.9691 -0.2709 
-0.0607 -0.2485 -1.6913 
Eig. Value: -0.8343 -0.8865 -1.7779 
O: -1.8302 -0.0087 -0.0397 
0.0079 -0.6985 -0.0063 
-0.1145 -0.0755 -1.1046 
Eig. Value: -1.8383 -0.6944 -1.1006 
H: 1.1949 0.2192 -0.1477 
0.3499 0.4558 -0.0437 
-0.1759 -0.0242 0.3234 
Eig. Value: 1.3188 0.3647 0.2907 
H: 0.7290 -0.4002 0.4528 
-0.3317 0.6671 -0.2580 
0.2607 -0.1272 0.4808 
Eig. Value: 1.2650 0.3978 0.2143 
H: 0.3804 -0.1063 -0.0554 
-0.2726 1.3197 0.3615 
-0.0951 0.3099 0.4033 
Eig. Value: 0.3453 1.4676 0.2905 
H: 0.3542 -0.0232 -0.0943 
-0.0055 0.3305 0.3674 
-0.0305 0.1335 1.0268 
Eig. Value: 0.3491 0.2495 1.1129 
H: 0.3937 0.1946 -0.1628 
0.1546 0.9152 -0.3684 
-0.1229 -0.3485 0.5630 
Eig. Value: 0.3639 1.2006 0.3075 
H: 0.6391 0.2496 0.2210 
0.1862 0.4183 0.1401 
0.2718 0.2198 0.4742 
Eig. Value: 0.9627 0.2638 0.3051 
H: 0.2839 0.0241 -0.0442 
-0.0117 0.6788 0.4200 
-0.0497 0.3982 0.6623 
Eig. Value: 0.3115 1.0808 0.2328 
H: 0.4110 -0.0158 0.1891 
0.0213 0.2184 -0.0082 
0.2406 -0.1304 1.3165 
Eig. Value: 0.3647 0.2124 1.3688 
H: 1.0581 0.2643 -0.3286 
0.2424 0.3305 -0.0244 
-0.1979 0.0003 0.3098 
Eig. Value: 1.2101 0.3093 0.1790 
H: 1.2256 -0.2906 0.3134 
-0.2705 0.3059 -0.0291 
0.2171 -0.0412 0.2519 
Eig. Value: 1.3673 0.2495 0.1665 
S: -1.0458 -0.0568 -0.1194 
-0.1489 -1.1616 0.2014 
-0.0627 0.0595 -0.8534 
Eig. Value: -1.0704 -1.2365 -0.7539 
S: 2.6737 -0.2629 -0.0985 
0.0370 3.8214 -0.5017 
-0.0318 -0.2339 2.8333 
Eig. Value: 2.5900 3.9492 2.7891 
Na: 1.0930 0.0165 -0.0170 
-0.0209 1.0902 0.0982 
0.0678 -0.0091 1.1794 
Eig. Value: 1.0942 1.0658 1.2026 
Na: 0.9827 0.0364 -0.0228 
0.0117 0.9908 0.0315 
-0.0710 -0.0966 1.2511 
Eig. Value: 0.9614 0.9994 1.2639 
O: -1.1965 0.0312 -0.5499 
0.0556 -1.0192 0.2654 
-0.6107 0.0138 -1.7912 
Eig. Value: -0.8342 -1.0091 -2.1635 
O: -1.8707 -0.4569 0.2680 
-0.5952 -1.3233 0.1794 
0.3361 0.0840 -1.0740 
Eig. Value: -2.2786 -1.0383 -0.9511 
O: -1.2113 0.5615 0.3592 
0.4828 -2.5533 -0.4897 
0.2833 -0.1963 -1.3099 
Eig. Value: -0.9087 -2.8532 -1.3126 
O: -1.4232 -0.2042 -0.1530 
-0.0725 -1.2315 0.0327 
-0.0542 0.1244 -0.9296 
Eig. Value: -1.5014 -1.2071 -0.8758 
O: -0.8642 -0.0607 0.1027 
-0.1463 -1.3492 0.4346 
0.1050 0.3307 -1.2689 
Eig. Value: -0.8384 -1.7189 -0.9250 
O: -1.1393 0.2743 -0.0384 
0.2212 -1.2371 -0.0829 
-0.1048 0.0015 -1.0530 
Eig. Value: -0.8941 -1.4412 -1.0940 
O: -0.8383 0.0321 -0.0345 
0.0142 -0.9691 0.2709 
-0.0607 0.2485 -1.6913 
Eig. Value: -0.8343 -0.8865 -1.7779 
O: -1.8302 0.0087 -0.0397 
-0.0079 -0.6985 0.0063 
-0.1145 0.0755 -1.1046 
Eig. Value: -1.8383 -0.6944 -1.1006 
H: 1.1949 -0.2192 -0.1477 
-0.3499 0.4558 0.0437 
-0.1759 0.0242 0.3234 
Eig. Value: 1.3188 0.3647 0.2907 
H: 0.7290 0.4002 0.4528 
0.3317 0.6671 0.2580 
0.2607 0.1272 0.4808 
Eig. Value: 1.2650 0.3978 0.2143 
H: 0.3804 0.1063 -0.0554 
0.2726 1.3197 -0.3615 
-0.0951 -0.3099 0.4033 
Eig. Value: 0.3453 1.4676 0.2905 
H: 0.3542 0.0232 -0.0943 
0.0055 0.3305 -0.3674 
-0.0305 -0.1335 1.0268 
Eig. Value: 0.3491 0.2495 1.1129 
H: 0.3937 -0.1946 -0.1628 
-0.1546 0.9152 0.3684 
-0.1229 0.3485 0.5630 
Eig. Value: 0.3639 1.2006 0.3075 
H: 0.6391 -0.2496 0.2210 
-0.1862 0.4183 -0.1401 
0.2718 -0.2198 0.4742 
Eig. Value: 0.9627 0.2638 0.3051 
H: 0.2839 -0.0241 -0.0442 
0.0117 0.6788 -0.4200 
-0.0497 -0.3982 0.6623 
Eig. Value: 0.3115 1.0808 0.2328 
H: 0.4110 0.0158 0.1891 
-0.0213 0.2184 0.0082 
0.2406 0.1304 1.3165 
Eig. Value: 0.3647 0.2124 1.3688 
H: 1.0581 -0.2643 -0.3286 
-0.2424 0.3305 0.0244 
-0.1979 -0.0003 0.3098 
Eig. Value: 1.2101 0.3093 0.1790 
H: 1.2256 0.2906 0.3134 
0.2705 0.3059 0.0291 
0.2171 0.0412 0.2519 
Eig. Value: 1.3673 0.2495 0.1665 
S: -1.0458 0.0568 -0.1194 
0.1489 -1.1616 -0.2014 
-0.0627 -0.0595 -0.8534 
Eig. Value: -1.0704 -1.2365 -0.7539 
S: 2.6737 0.2629 -0.0985 
-0.0370 3.8214 0.5017 
-0.0318 0.2339 2.8333 
Eig. Value: 2.5900 3.9492 2.7891 
Na: 1.0930 -0.0165 -0.0170 
0.0209 1.0902 -0.0982 
0.0678 0.0091 1.1794 
Eig. Value: 1.0942 1.0658 1.2026 
Na: 0.9827 -0.0364 -0.0228 
-0.0117 0.9908 -0.0315 
-0.0710 0.0966 1.2511 
Eig. Value: 0.9614 0.9994 1.2639 
O: -1.1965 -0.0312 -0.5499 
-0.0556 -1.0192 -0.2654 
-0.6107 -0.0138 -1.7912 
Eig. Value: -0.8342 -1.0091 -2.1635 
O: -1.8707 0.4569 0.2680 
0.5952 -1.3233 -0.1794 
0.3361 -0.0840 -1.0740 
Eig. Value: -2.2786 -1.0383 -0.9511 
O: -1.2113 -0.5615 0.3592 
-0.4828 -2.5533 0.4897 
0.2833 0.1963 -1.3099 
Eig. Value: -0.9087 -2.8532 -1.3126 
O: -1.4232 0.2042 -0.1530 
0.0725 -1.2315 -0.0327 
-0.0542 -0.1244 -0.9296 
Eig. Value: -1.5014 -1.2071 -0.8758 
O: -0.8642 0.0607 0.1027 
0.1463 -1.3492 -0.4346 
0.1050 -0.3307 -1.2689 
Eig. Value: -0.8384 -1.7189 -0.9250 
O: -1.1393 -0.2743 -0.0384 
-0.2212 -1.2371 0.0829 
-0.1048 -0.0015 -1.0530 
Eig. Value: -0.8941 -1.4412 -1.0940 
O: -0.8383 -0.0321 -0.0345 
-0.0142 -0.9691 -0.2709 
-0.0607 -0.2485 -1.6913 
Eig. Value: -0.8343 -0.8865 -1.7779 
O: -1.8302 -0.0087 -0.0397 
0.0079 -0.6985 -0.0063 
-0.1145 -0.0755 -1.1046 
Eig. Value: -1.8383 -0.6944 -1.1006 
H: 1.1949 0.2192 -0.1477 
0.3499 0.4558 -0.0437 
-0.1759 -0.0242 0.3234 
Eig. Value: 1.3188 0.3647 0.2907 
H: 0.7290 -0.4002 0.4528 
-0.3317 0.6671 -0.2580 
0.2607 -0.1272 0.4808 
Eig. Value: 1.2650 0.3978 0.2143 
H: 0.3804 -0.1063 -0.0554 
-0.2726 1.3197 0.3615 
-0.0951 0.3099 0.4033 
Eig. Value: 0.3453 1.4676 0.2905 
H: 0.3542 -0.0232 -0.0943 
-0.0055 0.3305 0.3674 
-0.0305 0.1335 1.0268 
Eig. Value: 0.3491 0.2495 1.1129 
H: 0.3937 0.1946 -0.1628 
0.1546 0.9152 -0.3684 
-0.1229 -0.3485 0.5630 
Eig. Value: 0.3639 1.2006 0.3075 
H: 0.6391 0.2496 0.2210 
0.1862 0.4183 0.1401 
0.2718 0.2198 0.4742 
Eig. Value: 0.9627 0.2638 0.3051 
H: 0.2839 0.0241 -0.0442 
-0.0117 0.6788 0.4200 
-0.0497 0.3982 0.6623 
Eig. Value: 0.3115 1.0808 0.2328 
H: 0.4110 -0.0158 0.1891 
0.0213 0.2184 -0.0082 
0.2406 -0.1304 1.3165 
Eig. Value: 0.3647 0.2124 1.3688 
H: 1.0581 0.2643 -0.3286 
0.2424 0.3305 -0.0244 
-0.1979 0.0003 0.3098 
Eig. Value: 1.2101 0.3093 0.1790 
H: 1.2256 -0.2906 0.3134 
-0.2705 0.3059 -0.0291 
0.2171 -0.0412 0.2519 
Eig. Value: 1.3673 0.2495 0.1665 
S: -1.0458 -0.0568 -0.1194 
-0.1489 -1.1616 0.2014 
-0.0627 0.0595 -0.8534 
Eig. Value: -1.0704 -1.2365 -0.7539 
S: 2.6737 -0.2629 -0.0985 
0.0370 3.8214 -0.5017 
-0.0318 -0.2339 2.8333 
Eig. Value: 2.5900 3.9492 2.7891 
Na: 1.0930 0.0165 -0.0170 
-0.0209 1.0902 0.0982 
0.0678 -0.0091 1.1794 
Eig. Value: 1.0942 1.0658 1.2026 
Na: 0.9827 0.0364 -0.0228 
0.0117 0.9908 0.0315 
-0.0710 -0.0966 1.2511 
Eig. Value: 0.9614 0.9994 1.2639 
O: -1.1965 0.0312 -0.5499 
0.0556 -1.0192 0.2654 
-0.6107 0.0138 -1.7912 
Eig. Value: -0.8342 -1.0091 -2.1635 
O: -1.8707 -0.4569 0.2680 
-0.5952 -1.3233 0.1794 
0.3361 0.0840 -1.0740 
Eig. Value: -2.2786 -1.0383 -0.9511 
O: -1.2113 0.5615 0.3592 
0.4828 -2.5533 -0.4897 
0.2833 -0.1963 -1.3099 
Eig. Value: -0.9087 -2.8532 -1.3126 
O: -1.4232 -0.2042 -0.1530 
-0.0725 -1.2315 0.0327 
-0.0542 0.1244 -0.9296 
Eig. Value: -1.5014 -1.2071 -0.8758 
O: -0.8642 -0.0607 0.1027 
-0.1463 -1.3492 0.4346 
0.1050 0.3307 -1.2689 
Eig. Value: -0.8384 -1.7189 -0.9250 
O: -1.1393 0.2743 -0.0384 
0.2212 -1.2371 -0.0829 
-0.1048 0.0015 -1.0530 
Eig. Value: -0.8941 -1.4412 -1.0940 
O: -0.8383 0.0321 -0.0345 
0.0142 -0.9691 0.2709 
-0.0607 0.2485 -1.6913 
Eig. Value: -0.8343 -0.8865 -1.7779 
O: -1.8302 0.0087 -0.0397 
-0.0079 -0.6985 0.0063 
-0.1145 0.0755 -1.1046 
Eig. Value: -1.8383 -0.6944 -1.1006 
H: 1.1949 -0.2192 -0.1477 
-0.3499 0.4558 0.0437 
-0.1759 0.0242 0.3234 
Eig. Value: 1.3188 0.3647 0.2907 
H: 0.7290 0.4002 0.4528 
0.3317 0.6671 0.2580 
0.2607 0.1272 0.4808 
Eig. Value: 1.2650 0.3978 0.2143 
H: 0.3804 0.1063 -0.0554 
0.2726 1.3197 -0.3615 
-0.0951 -0.3099 0.4033 
Eig. Value: 0.3453 1.4676 0.2905 
H: 0.3542 0.0232 -0.0943 
0.0055 0.3305 -0.3674 
-0.0305 -0.1335 1.0268 
Eig. Value: 0.3491 0.2495 1.1129 
H: 0.3937 -0.1946 -0.1628 
-0.1546 0.9152 0.3684 
-0.1229 0.3485 0.5630 
Eig. Value: 0.3639 1.2006 0.3075 
H: 0.6391 -0.2496 0.2210 
-0.1862 0.4183 -0.1401 
0.2718 -0.2198 0.4742 
Eig. Value: 0.9627 0.2638 0.3051 
H: 0.2839 -0.0241 -0.0442 
0.0117 0.6788 -0.4200 
-0.0497 -0.3982 0.6623 
Eig. Value: 0.3115 1.0808 0.2328 
H: 0.4110 0.0158 0.1891 
-0.0213 0.2184 0.0082 
0.2406 0.1304 1.3165 
Eig. Value: 0.3647 0.2124 1.3688 
H: 1.0581 -0.2643 -0.3286 
-0.2424 0.3305 0.0244 
-0.1979 -0.0003 0.3098 
Eig. Value: 1.2101 0.3093 0.1790 
H: 1.2256 0.2906 0.3134 
0.2705 0.3059 0.0291 
0.2171 0.0412 0.2519 
Eig. Value: 1.3673 0.2495 0.1665 
Atom type 

Dielectric tensors: 

 
Ɛ2.4898 0.0000 0.0421 
0.0000 2.6513 0.0000 
0.0421 0.0000 2.4822 
Eig. Value: 2.5283 2.6513 2.4437 
Refractive index (N): 1.5779 0.0000 0.2053 
0.0000 1.6283 0.0000 
0.2053 0.0000 1.5755 
Eig. Value: 1.5901 1.6283 1.5632 
Ɛ00.0000 0.0000 0.0000 
0.0000 0.0000 0.0000 
0.0000 0.0000 0.0000 
Eig. Value: 0.0000 0.0000 0.0000